我院呼吸系病学科群有着四十余年的深厚传承与历史积淀，拥有呼吸内科、肺部肿瘤科、疑难肺病科、微创胸外科四大特色专科。医院借助与上海市肺科医院的无缝协作优势，引入国内一流的呼吸系病专家团队和呼吸疾病领域最新技术，在苏中苏北地区形成了显著的专科优势。[呼吸内科]床位规模全市第一，在急重症呼吸疾病抢救、肺部感染、支气管哮喘、慢阻肺、间质性肺病、肺心病、肺栓塞等疾病的诊治方面具有显著特色。全市率先开展无痛支气管镜技术，支气管镜肺活检、针吸活检、微波介入治疗、肺泡灌洗技术，为支气管及肺内深部难以发现的微小病灶的探查和肺疾病的治疗提供了更多手段，且大大减轻了患者的痛苦。[肺部肿瘤科]南通地区率先开展肺部肿瘤多学科会诊（MDT）模式，在肺癌规范化化疗、放疗、介入治疗及对中晚期、复发、转移性肺癌的再治疗积累了丰富的经验，对各种良、恶性气道疑难疾病的经支气管介入治疗，气道支架置入技术以及内科胸腔镜技术达到国内先进水平。[疑难肺病科]南通市重点学科，在难治性肺结核、结核性胸膜炎、脑膜炎、淋巴结核、糖尿病合并肺结核、重症结核的诊断治疗、非结核分支杆菌肺病的诊断和处理方面经验丰富。支气管动脉栓塞术治疗肺结核大咯血、超声透药治疗难治性结核病等技术省内领先。[微创胸外科]由上海市肺科医院陈昶教授领衔，微创胸外科手术例数、手术难度跃居通城排头位置，纯单孔胸腔镜下微创手术填补了苏中苏北地区空白。在江苏地区率先开设“肺部结节专病联合门诊”致力于为疑难、复杂肺部结节患者提供“检查、诊断、治疗、随访”一站式服务。